.jpg)
Daňová kontrola nezačíná razií. Začíná dopisem. Správce daně vám oznámí zahájení kontroly, vyzve vás k součinnosti a požádá o předložení dokladů.
Problém nastává v tom, jak většina lidí na kontrolu reaguje. Buď v panice předloží všechno, co mají, a doufají, že tím pochybnosti rozptýlí. Nebo naopak komunikaci se správcem daně bagatelizují a nechávají lhůty proběhnout. Ani jedna reakce není ideální.
Samotná kontrola má několik fází. Nejprve správce daně prostuduje vaše daňové přiznání a účetní doklady. Pak vás vyzve k vysvětlení konkrétních položek, které mu mohou nesedět. Následuje ústní jednání, kde se probírají zjištění. A na závěr dostanete zprávu o daňové kontrole, ke které se můžete vyjádřit.
Celý proces trvá typicky několik měsíců. U složitějších případů i déle. A po celou dobu platí jedno základní pravidlo.
Finanční úřad zaznamenává i telefonické hovory formou úředních záznamů. Každá vaše odpověď, každý dokument, který dobrovolně předložíte nad rámec toho, co bylo požadováno, se stává součástí spisu.
Rozhodnete-li se v dobré víře vyvrátit pochybnosti tím, že správci daně poskytnete rozsáhlou dokumentaci, riskujete, že se úřad začne doptávat i na oblasti, které předtím vůbec neprověřoval.
Proto doporučujeme v každém závažnějším případě trvat na písemném sdělení požadavků. Odpovídejte na to, na co se správce daně ptá. Nic víc. A hlavně: konzultujte postup s advokátem ještě před první odpovědí.

Při daňové kontrole máte práva, která podnikatelé často nevyužívají, protože o nich nevědí. Podle § 86 daňového řádu máte právo být přítomni jednání se svými zaměstnanci, předkládat důkazní prostředky, navrhovat provedení důkazů, které sami nemáte k dispozici, a vyvracet pochybnosti správce daně.
„Na druhé straně máte povinnosti, které nelze obejít. Musíte poskytnout nezbytné informace o své organizační struktuře, předložit důkazní prostředky prokazující vaše tvrzení a nezatajovat důkazy, o nichž víte, kde se nacházejí. Ta poslední povinnost je důležitá. Pokud víte, že se klíčové dokumenty nacházejí u třetí osoby, musíte to finančnímu úřadu sdělit,“ upozorňuje advokát Petr Motyčka.
Písemná komunikace. Trvejte na tom, aby vám správce daně sdělil požadavky písemně. Ústní požadavky vedou k nedorozuměním a vy nemáte důkaz o tom, co přesně po vás chtěli.
Přesné odpovědi. Odpovídejte na to, co bylo požadováno. Kompletně, ale bez dobrovolných přídavků. Každý dokument navíc je potenciální nový směr kontroly.
Advokát od začátku. Zapojte svého advokáta ještě předtím, než kontrola začne. Neuvážený postup ve vztahu ke správci daně vám může uzavřít možnosti další obrany.
Klid. Zůstaňte v klidu. Daňová kontrola není obvinění. Je to proces. A jak v něm obstojíte, závisí na tom, jak ho řídíte.
Jedna z prvních otázek, kterou nám podnikatelé pokládají: jak daleko zpátky může úřad sahat?
Základní lhůta pro doměření daně činí 3 roky od konce zdaňovacího období, ve kterém vznikla povinnost podat daňové přiznání. Tato lhůta se ale prodlužuje. Stačí, aby správce daně v jejím průběhu učinil úkon směřující k doměření, abyste podali dodatečné daňové přiznání, nebo aby byly zahájeny kroky směřující k trestnímu stíhání za zkrácení daně.
Maximální lhůta je 10 let. Po jejím uplynutí právo na doměření daně zaniká bez výjimky.
Archivujte veškerou dokumentaci minimálně deset let. A pokud víte, že vaše daňová struktura obsahuje agresivnější prvky, počítejte s tím, že se k ní může finanční úřad vrátit i po několika letech. Více o tomto tématu se dočtete v samostatném článku – Kdy se daňová optimalizace mění v daňový podvod.
Kontroly zaměřené na DPH mají svá specifika. Správce daně se soustředí především na oprávněnost uplatněných odpočtů. Zkoumá, zda zdanitelné plnění skutečně proběhlo, zda dodavatel existuje a reálně podniká, a zda celý řetězec transakcí dává ekonomický smysl.
Podnikající fyzické osoby mají tendenci vnímat daňovou kontrolu jako něco, co se týká hlavně firem. Finanční úřad ale kontroluje fyzické osoby stejně důkladně. A v některých oblastech i důkladněji.
„U fyzických osob se kontrola nejčastěji zaměřuje na poměr přiznaných příjmů a životní úrovně, na oprávněnost uplatněných výdajů (zejména u paušálních výdajů), na příjmy z pronájmu a na příjmy ze zahraničí. Správce daně má přístup k bankovním výpisům, katastru nemovitostí a dalším registrům. Pokud vaše přiznané příjmy neodpovídají tomu, co úřad vidí v datech, kontrola přijde,“ shrnuje advokát Petr Motyčka.
Specifická je kontrola při přechodu mezi paušálními a skutečnými výdaji, kde podnikatelé často chybují v přechodných ustanoveních. A také kontrola příjmů z kapitálového majetku, kde se finanční úřad zaměřuje na správné zdanění dividend, úroků a podílů na zisku.

V praxi se setkáváme s případy, které na první pohled vypadají beznadějně. Podnikatel dostane výzvu k daňové kontrole za uplynulý rok. Účetnictví mu vedla příbuzná, se kterou se rozešel ve zlém. Doklady zmizely. Podnikatel nemá papírovou ani elektronickou verzi dokumentů. Přitom tvrdí, že vše bylo v pořádku. Daně platil, přiznání podával, kontrolní hlášení taky. Jen to nemá čím prokázat.
Bankovní výpisy si stáhnete za celé kontrolované období. Banka je archivuje a na vyžádání vám je vydá. Podaná přiznání najdete v datové schránce nebo na portálu MOJE DANĚ. Faktury si vyžádáte od svých odběratelů, dodavatelů a e-shopů formou duplikátů. Smlouvy, objednávky, potvrzení, vše, co prošlo e-mailem, lze dohledat v poštovní schránce.
„Pokud účetnictví vedla třetí osoba a víte, kde se doklady nacházejí, máte právo navrhnout správci daně provedení důkazních prostředků, které sami nemáte k dispozici. Můžete navrhnout výslech té osoby jako svědka. Správce daně svědeckou výpověď provede, protože podle daňového řádu je každá osoba povinna vypovídat o důležitých okolnostech při správě daní týkajících se jiných osob, pokud jsou jí známy,“ říká advokát Petr Motyčka.
Prvním krokem po obdržení výzvy by měla být žádost o prodloužení lhůty k předložení dokladů. Správce daně může lhůtu prodloužit a v naprosté většině případů to udělá, pokud vidí, že aktivně spolupracujete.
Zároveň je rozumné finanční úřad pro–aktivně informovat o situaci. Vysvětlete, proč k situaci došlo, popište, jaké kroky podnikáte k rekonstrukci záznamů, a klidně uveďte, které doklady objektivně získat nedokážete. Tato otevřenost může být ve váš prospěch.
Pokud ani po vašem úsilí nebude finanční úřad schopen stanovit daň na základě doložených důkazních prostředků, přistoupí ke „stanovení daně podle pomůcek“. Úřad vezme podnikatele ve stejném oboru, s podobným obratem a počtem zaměstnanců, a podle něj vám daň odhadne. Přihlédne ale také k podaným vysvětlením a nezpochybněným důkazním prostředkům.
Zákon ukládá správci daně povinnost, aby přihlédl i ke zjištěným okolnostem, z nichž vyplývají výhody pro daňový subjekt, a to i když jste je sami neuplatnili. Ale nemáte nad výsledkem kontrolu, což může být problém. Proti stanovení daně podle pomůcek se lze odvolat pouze z důvodu, že nebyly splněny zákonné podmínky pro tento postup, ne kvůli výši samotné daně.
A pokud daň nelze stanovit ani podle pomůcek, přichází poslední varianta: sjednání daně. Správce daně s vámi daň dohodne. Zní to rozumně, ale má to jeden háček. Proti rozhodnutí o sjednání daně nelze podat opravné prostředky. Co dohodnete, to platí.
Pokud daňová kontrola skončí zjištěním nesrovnalostí, které nedokážete vysvětlit nebo prokázat, přijde doměření daně a s ním sankce.
Penále se vyměřuje automaticky. Pokud vám správce daně doměří daň vyšší, než jakou jste přiznali, zaplatíte 20 % z doměřeného rozdílu. Pokud vám sníží odpočet, rovněž 20 %. Toto penále nevzniká, pokud sami podáte dodatečné daňové přiznání, na jehož základě k doměření dojde. Jinými slovy: pokud chybu najdete a přiznáte dříve, než ji najde finanční úřad, penále neplatíte.
K penále se připočítává úrok z prodlení. Jeho výše odpovídá dvoutýdenní REPO sazbě ČNB plus 8 procentních bodů ročně. V praxi to v prvním pololetí roku 2024 znamenalo úrok 14,75 % p. a. U doměření za více let zpětně se úroky kumulují a výsledná částka tak může překvapit.
Pokud správce daně zjistí, že jste nesplnili povinnost uchovat účetní záznamy podle § 31 zákona o účetnictví, hrozí pokuta až do výše 3 % hodnoty aktiv. U firmy s aktivy za 10 milionů to znamená potenciální pokutu 300 000 Kč. Jen za to, že nemáte doklady.
K tomu přistupují další možné pokuty: pořádková pokuta až 500 000 Kč za ztěžování správy daní a pokuta za opožděné tvrzení daně, pokud jste v důsledku chybějících podkladů nesplnili oznamovací povinnosti.
Co podnikatelé často nevědí: o prominutí penále, úroků i pokut lze požádat. Pokud prokážete, že situace vznikla z důvodů, které jste nemohli ovlivnit (krádež, živelní pohroma, jednání třetí osoby), a aktivně jste spolupracovali na nápravě, správce daně může sankce snížit nebo prominout. Není na to nárok, ale žádost je vždy lepší než rezignace.
Ne každá kontrola skončí doměřením. A ne každé doměření se změní v trestní stíhání. Ale existují signály, které naznačují, že se vaše situace vyvíjí špatným směrem.
Správce daně začne klást otázky, které jdou nad rámec běžné kontroly. Ptá se na účel transakcí, na vztahy mezi osobami, na načasování jednotlivých kroků. Chce vidět e-mailovou komunikaci, zápisy z jednání, interní dokumenty. Kontrola se rozšiřuje na další období a další daně.
V takový moment už neřešíte standardní kontrolu. Řešíte potenciální obvinění ze zneužití práva, nebo dokonce ze zkrácení daně. A přesně v takový moment potřebujete vedle sebe advokáta, který rozumí i trestní rovině.
Co se stane, když kontrola skutečně přeroste v doměření, a co dělat, když se věc posune k trestnímu stíhání za zkrácení daně, rozebíráme v navazujícím článku – Zkrácení daně, doměření a možné trestní stíhání. Jak se bránit.
Článek připravil Petr Motyčka, partner endors se specializací na trestní právo. Pokud řešíte daňovou kontrolu a chcete mít jistotu, že postupujete správně, ozvěte se na trestni@endors.cz nebo nám zavolejte na +420 721 208 275. Reagujeme do 24 hodin.

Připravili jsme sérii tří článků, které provádějí celým spektrem daňových rizik. Od legální optimalizace přes daňovou kontrolu až po trestní stíhání za zkrácení daně.
→ Kdy se daňová optimalizace mění v daňový podvod
→ Co dělat, když přijde daňová kontrola? Právě čtete.
→ Zkrácení daně, doměření a možné trestní stíhání. Jak se bránit